Las Agencias Agrarias, son los Órganos Desconcentrados de la Dirección Regional Agraria Puno, constituyen las instancias principales de coordinación y ejecución. Están a cargo de un Director.
El ámbito territorial de la Agencia Agraria, está delimitado en base a la jurisdicción provincial y a la cercanía de los distritos, a la circunscripción de la sede de la Agencia, comprendiendo algunas veces a más de una Provincia.
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- Agencia Agraria Azángaro
- Agencia Agraria Carabaya
- Agencia Agraria Chucuito
- Agencia Agraria El Collao
- Agencia Agraria Huancané
- Agencia Agraria Lampa
- Agencia Agraria Melgar
- Agencia Agraria Puno
- Agencia Agraria San Antonio de Putina
- Agencia Agraria San Pedro de Moho
- Agencia Agraria San Román
- Agencia Agraria Sandia
- Agencia Agraria Yunguyo
